中心是本校編制內的一級學術單位，設有諮詢委員會、中心主任及推動委員會，以提供核心設施服務平台、籌組研究團隊、推動本校在海洋科學與水產科技、海洋文教與產經法政、海洋工程與前瞻科技的卓越教學與特色研究為任務。
