1.海洋生物分類演化研究

對指標性的海洋生物擴大至亞洲地區及甚至印度西太平洋和世界性的分類演化研究。

2.龜山島熱泉生物多樣性

鄰近海洋大學的龜山島難得具有淺海熱泉並棲息有大量熱泉生物，海洋大學對這樣特有的海底熱泉生態特別組成研究團隊深入研究，除在臺灣首次描述龜山島熱泉生物外，現已成為國內研究龜山島熱泉生態成果最豐富的單位，並擴展至研究臺灣其他海域的化學合成生態如西南海底冷泉區等，累計發表期刊論文已有40多篇。本計畫將擴大採集熱泉和鄰近海域的不同海洋生物，除大型生物外，亦包括小型的浮游動植物和細微的細菌和真菌，利用放射性同位素建立熱泉和鄰近海域中的完整生物食物網關聯，能量傳遞模式。並利用R O V進行深海熱泉精準定量的採集，建立龜山島深海熱泉的食物網模式，以更深入的比較同樣由怪方蟹為優勢種組成的深、淺海熱泉生態食物網的異同，從而究名壓力和光照對棲息於極端環境下的生物有何影響。